Honda CR-Z Mugen kryje pod maską 1,5-litrowy silnik benzynowy i-VTEC o mocy 200 KM i maksymalnym momencie obrotowym 245 Nm przekazywanym na przednią oś. Ta wersja specjalna jest o 50 kg lżejsza od modelu standardowego, dzięki czemu rozwija większą prędkość maksymalną, zużywając przy tym mniej paliwa i emitując mniej CO2.
Honda wyposażyła ten wariant CR-Z w możliwość jazdy w trybie Mugen, co oznacza lepsze osiągi oraz jeszcze mniejsze zużycie paliwa.
